V projekte Zelená škola je viacero tém. Školy si vyberajú, ktorej sa budú počas certifikačného obdobia (zvyčajne 2 roky) venovať. Keď hodnotitelia zo Zelenej školy usúdia, že škola na tej téme poctivo pracovala a už sa ukazujú aj výsledky jej práce, tak škola dostane Certifikát Zelenej školy. Ale to, že škola dostane Certifikát Zelenej školy za nejakú tému, neznamená, že už môže túto tému prestať riešiť. Stále sa jej škola venuje ako "udržiavacej téme" (udržiava stav, ktorý dosiahla, keď sa jej venovala naplno). Tu sú témy, ktoré sme už riešili my a získali sme za ne aj Certifikát Zelenej školy (okrem témy Doprava a ovzdušie, pretože na tej práve teraz pracujeme):